本会创立于公元一九一一年八月，当时称为『亚庇中华商会』。
为了容纳亚庇区所有华人的注册商业团体，以实现团结华商之目标，本会复于1975年易名『亚庇中华总商会』。嗣後，为配合这个工商业发达的时代，本会又于1991年改名为『亚庇中华工商总会』。
创立之初，华族商店不多，人口稀少，商业极其落后。在发扬华族文化的使命下，本会先贤于成立初期即创办中华学校；当时，所处之历史环境，一些较大的活动，无可避免的与当时中国政局的变动扯上关系，筹募义款资助孙中山组织的反清同盟会即为其中一个例子。
第二次世界大战；联军大举轰炸，包括本会会所在内的亚庇市区店铺无一幸免，文件焚毁殆尽，一切活动亦随之停止。1947年光复后，秩序已逐渐恢复，华商公推郑奕庄为临时会长，筹备复会，准备就绪后，郑氏光荣引退，由李永福任正式会长。
协助建临时店铺
和平初期，亚庇市区满目疮痍。走避战祸之商人陆续回来，在近海处搭起临时亚答店，又开始做买卖。
惟当时交通尚未恢复，物资极其短缺，日用品十分昂贵，单靠联军供应残馀食用品。
稍后，本会鉴及首期搭建之亚答店不够分配，乃与政府协商，建造第二期店铺，由于建筑材料如白锌，铁钉等均十分缺乏，本会向政府陈情取得购办权，将材料分配予各建店商号。不但公平处理，且解决了各种困难。
临时会所
本会借用怡怡俱乐部之会所不幸毁于炮火，至胜利初期，仍无法自建会所。
嗣后，理事推动自建会所计划，适当时有稍具规模的建筑商陈光史热烈支持，并献捐400元为首倡，其他会员积极响应，会所亦由陈光史先生承建，地点位于加雅街与吉光行之相背向处。
到了章谦任理事长之时，会所迁至南路山边中华民国领事馆内的一个小客厅办公，而原有的会所即充作吉光行店铺。一直到了中华人民共和国成立，英政府关闭中华民国领事馆，由本会代为保管领事馆内之家具、档案、及一辆巨型摩多西架，其馆舍则仍由本会租用。
早期会员
初期本会会员仅50多人而已，1930年至1935年增加至200人，随后逐年增加。
当时本会会员也逐渐从市区扩展至沿火车路之各埠，即京那律、王麻骨；及沿公路之兵南邦、下南南、打里卜、孟加达。
历届要职
本会首任会长：陈三才，继任会长者为黄添全、陈三龙、胡孝德、李斐然、周亚贵、蔡其正、吴金水、章声宏、张润源、黄自按。（黄自然[无法鉴定时期]）。和平后担任会长者为郑奕庄、李永福、吴清如、李道生、曾庆德、汤耀隆、章谦、谢玉堂、拿督彭德聪、拿督黄子发、陈玉发、拿督斯里邦里玛杨开昇、拿督斯里邦里玛陈友仁局绅至现任会长拿督雷远生。
曾任监事长者有：许汉强、陈秀文、孙绍文、刘智源、廖官秀、邝桐、李延修、丹斯里刘玉波、拿督刘养正、梁振熙、陈玉发、刘双土、拿督郑官华至现任监事长郭英健。
初期任本会评议员者有：黄赞惠、黄焜房、黄清池、王端琛、林廷藻、梁家成、邢定锦、黎成炳、泉记栈号、利群号、春兴号。而早期曾任副会长者，依记录则有：曾天安、黄传燕、章 谦、凌汉松、罗志宏、傅金泉等人。
曾任秘书长者有：李赐安、陈三龙、林邦琴、国仲青、宋同和、宋国朝、刘智源、曾天安、章 谦、曾恩福、陈 琛、黄伯行、许振荣、周如德、彭德聪、李春明、赖恩光、蔡惠明、赵国森、钟纪友、宋一平、黄全兴、许汉潮、董福祯、曾庆德、陈彼得、杨凤强、庞学彬、黄耀宗、邓松青、拿督张春金、林克光至现任秘书长余达贤。
曾任财政者（现称总财政）有：李赐安、黄德泉、冯启泉、蔡其正、梁生潮、黄传燕、吴清如、黄子发、罗国泉、谢玉堂、许汉强、林百语、林逢仪、谢振盛、拿督罗国泉、邬汉秋、连景洲、何慰安、黄文保、拿督陈瑞孚、郑晋灿、拿督郑官华、拿督林华开、拿督陈章川、拿督苏孝添、林锡全、吴梓平、林惠新博士、陈江湖、拿督李坤才、余达贤、方德宇、林湧斌、李玉章至现任总财政锺昇平。
分设小组推展会务
为了有效推行工作，本会过去曾经设立以下小组：
盐捐小组：负责徵收食盐入口，向会员收捐每包1元，充作经费，实行3年后取消。
米粮小组：1954年11月成立米粮小组，专司白米入口。2年以后改由商家自组四大米粮公司。
甘光亚逸区建店小组：1957年11月成立。策划为无店之会员在甘光亚逸兴建店屋，主其事者为廖官秀，陈彼得。
义山小组：广福亭义山原为博善堂主持，地点在斗亚兰路二英哩半地方，面积大约6英亩，和平以后改由本会设义山小组管理。至1958年1月才订章则。当时由蔡长潮任主任，罗国泉为财政。而郑济荣、李志才、雷金绰等人，早期也曾经为本会的义山和福利工作，做出了相当的贡献。
本会于80年代，开始设立以下各小组：工商组、旅游、科技组、原产品组、福利组、文教组、幼教组、公关康乐组及庶务组。工商组负责工商事务，旅游、科技组负责旅游及科技尤其是资讯科技的事务，原产品负责与原产品相关的事务，福利组负责义山管理与福利的事务，文教组负责文化以及属下小学的事务，幼教组负责属下幼儿园的事务，公关康乐组负责对外的公关与内部的康乐和庆典活动的事务，庶务组则负责本会属下各校的工程与供应之开标事务。
2007年本会倡议，并由工商组负责举办名誉上是由本州三大族群商会主催的首届婆罗洲国际商展，为2年一次的婆罗洲国际商展，打响了第一炮。
兴建会所
拿督黄子发任会长期间，推动兴建会所计划，以数万元购得新美南区红十字会附近地皮一块，拟为会所之用，但理事对地点意见分歧，致使相关计划被搁置。
迨至第15届理监事于1970年上任，会长陈玉发暨全体理事将兴建会所与幼稚园校舍列为第一要务，积极展开策划工作，监事长刘玉波首捐2万元带动，理事们慷慨献捐，会员商号热烈支持，成绩可观。而由兴业建筑工程公司以28万元得标承建，仅8个月时间便告完成。连同加工，布置整座会所耗费RM36万。于1971年12月18日上午十时由当年的首席部长敦马士达华主持揭幕。
1998年，在当时会长拿督斯里邦里玛陈友仁局绅的领导下，本会在会所大厦的原有停车场兴建一座七层楼的新大厦，耗资RM270万。次年，新大厦的办公室单位开始出租，为本会的收益，增添了一个新来源。
连结在一起的新旧大厦，从而为座落在亚庇市中心的本会会所，增添了一个雄伟的新貌。
八十年代后
本会在1980年由拿督斯里邦里玛杨开昇接任会长，领导本会，在任6年，建树良多。
本会除了关注会员商家之权益及社会慈善，福利，教育业外，更为公众人士提供婚姻注册服务。由1982年3月开始，受政府委托办理婚姻注册事宜，深受各界赞赏。
1986年拿督斯里邦里玛陈友仁局绅接任会长，接任之初，加拉文星区的店屋不幸惨遭回禄之灭，业主与经营多为华商，在本会及州内阁部长之陈情力争下，终获州政府拨款RM60万协助商家修葺。
2012年，在任26年的拿督斯里邦里玛陈友仁局绅因身体不适，由署理会长拿督苏孝添代任会长至选举，拿督雷远生当选接任会长。
为迎合资讯发达的时代，拿督雷远生上任后即积极进行会务电子化及促进环保概念；另一方面亦极力推动培养企业家及人力资源发展的培训工作。
献地建文教大厦
1979年，本会召开特别会员大会，通过将座落在回教谷的地段，捐献给本地的两间华文独立中学：沙巴崇正中学、亚庇建国中学，为这两间独中开拓新的经费来源。
1983年，象征本地华裔文教事业堡垒的十二层楼“文教基金局”大厦落成。
其他物业
第二次世界大战后，本会在加雅街兴建一间两层楼店屋。1977年，本会在必打丹兴建两间三层楼店屋，耗资RM57万。这三间店屋都供出租。
2007年，本会在斗亚兰路五哩半义山的山巅，即焚化场附近，斥资RM28万，兴建一座命名为“中华万寿阁”的骨灰阁。本会的骨灰阁和义山，是福利组负责管理。
2009年，本会将斗亚兰路五哩半义山山脚下的“送别亭”，改为殡仪馆。
2012年12月，本会与威华管理有限公司签署联营合约，由该公司负责发展位于孟加达的一幅4,614公顷(约11.5英亩)的义山地；该义山地是本会与亚庇沙巴华人同乡会馆联合会共同拥有。
属下教育机构
本会办学，可以追溯至1917年由胡孝德、周亚贵等人创办的中华小学，初期的学生仅数十人，课室设在市区明心社。
目前，本会辖下有三间幼儿园：
- 里卡士中华幼儿园★托儿所
- 必打丹华商幼儿园
- 兵南邦中华幼儿园
四间小学：
- 亚庇中华学校
- 里卡士中华学校
- 必打丹华商学校
- 哥隆邦启华学校
协办中学：
- 亚庇中学
启华学校是一所从威士珍搬迁到亚庇的华文小学，也是沙巴州第一所获政府批准从乡区搬迁到市区的华文小学。启华学校是于2004年3月获联邦政府批准迁校，可是经历了迁校的手续以及哥隆邦校地辗转发生的官司风波而拖宕，终于在2013年，在新任会长拿督雷远生的领导以及联邦政府、州政府和热心教育人士的支持下，斥资约RM1,000万完成建校工程，并在2014年1月顺利开课。
由于在兴学办校和发扬华教方面扮演积极的角色，本会于2014年12月，以“从商不忘教育，创办并管辖8所华文学校；弘扬中华文化、发展母语教育，百年坚持，不遗余力”的理念，受到林连玉精神奖遴选委员会的认同并荣获该奖项的团体奖。